Uno de los problemas con algunos servidores virtuales Linux es que te ofrecen mucho espacio, pero con límite de archivos.
Esto lo hacen al crear la partición dónde le ponen un numero de nodos muy bajo. Si les preguntas te dirán que es por temas de seguridad y rendimiento ya que muchos archivos pequeños según ellos son sinónimo de virus. El problema es que una web en su mayor parte son muchos archivos pequeños y no son ningún virus ni troyano.
Eso me pasó a mí con un servidor en 1and1.es de 400 gb que al 25% de espacio me dijo que ya no quedaba espacio y por lo tanto dejo de funcionar vía web (plesk) y tuve que entrar por consola a ver qué pasaba.
Sí hacia un comando df me salía que todo estaba correcto y tenía espacio suficiente hasta que mirando en foros se me ocurrió hacer un df-i y me ponía que estaba al 100%.
En este servidor tenía alrededor de un millón de imágenes y también tenía un problema de muchos archivos en Temp porque por un erro de plesk no los limpiaba automáticamente.
Lo primero que hice fue vaciar el temp, pero la solución definitiva fue eliminar las imágenes en miniatura y pasarlas a base de datos. De este modo ahora tengo una base de datos gigante, pero al ser un solo archivo no hay problema.
Esta información no te la van a poner nunca las empresas de hosting y es importante tenerlas en cuenta con los servidores virtuales. Si tienes un servidor dedicado ya no es problema porque tú mismo puedes definirte los límites del disco.